崇明东滩鸟类自然保护区是以迁徙鸟类及其栖息地为主要保护对象的湿地类型自然保护区。目前，已记录到的鸟类有17目50科288种(2005)。其中国家一级保护的鸟类有东方白鹳、黑鹳、白头鹤3种、国家二级保护的鸟类有白枕鹤、黑脸琵鹭、小天鹅等34种；列入《中国濒危动物红皮书》的鸟类20种；列入中日、中澳政府间候鸟及其栖息地保护协定的鸟类分别为156种和54种，每年在崇明东滩过境中转和越冬的水鸟总量逾百万只。 保护区内有鸟类标本馆，有观鸟平台，人鸟共处，和谐相伴。